cytoscapeでネットワーク

ネットワーク描画ツールとして有名なものにcytoscapeがある． 簡単にネットワークを描画できるので重宝しているが， 巨大なネットワークを描画するにはメモリが必要． でもデフォルトでは800Mくらいしかメモリを確保せずに起動するので，設定を変更したい． cytoscape2.8.3をWindows7で動かす場合には，

path_to_programfiles/Cytoscape_v2.8.3/Cytoscape.vmoptions

を変更すれば良い． たとえば，最大メモリ4G使いたいのであれば，

-Xms10m
-Xmx4G
-Xss10m
-Dswing.aatext=true
-Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd

と直して起動すれば，最大で4Gほどのメモリを確保して起動してくれる． 便利．